反對基改作物的人擔心，基改作物可能會對生態系造成以下危害：

• 除草劑及農藥的使用增加。
• 基改作物有可能殺害原本不預期會傷害的生物，甚至嚴重到影響自然生態的平衡。2007年發生的蜜蜂消失事件，有一個可能的原因就是基改作物。
• 如果基改作物抗除草劑的基因傳播給雜草，可能造成殺不死的超級雜草。
• 長期使用基改作物，可能造成害蟲產生抗藥性。
• 基改作物經常含有一些基因片段對抗生素具有抗藥性，如果這段基因跟細菌結合，可能產生可以抵抗抗生素的細菌。
• 對原始種原的污染。